Vaidekomisjon on nõuandev organ, kes esitab EKKA kõrghariduse hindamisnõukogule oma erapooletu arvamuse nõukogu toimingute või otsuste peale esitatud vaide põhjendatuse osas. Vaidekomisjon nimetatakse ametisse kolmeks aastaks ning sinna kuuluvad neli liiget ja asendusliiget. Komisjon kutsutakse kokku vajaduspõhiselt.

Komisjoni moodustamine on reguleeritud dokumendis “EKKA kõrghariduse hindamisnõukogu ja vaidekomisjoni moodustamise kord”, mis on leitav  kodulehe alajaotusest Regulatsioonid.

2017. aasta veebruaris kinnitas SA Archimedes nõukogu Vaidekomisjoni järgmises koosseisus:

Rektorite Nõukogu esitatud liikmed:
– liige Eve Eisenschmidt, Tallinna Ülikooli Haridusteaduste instituudi professor
– asendusliige Martin Hallik, Tartu Ülikooli raamatukogu direktor

Rakenduskõrgkoolide Rektorite Nõukogu esitatud liige:
– liige Peeter Kukk, Kaitseväe Ühendatud Õppeasutuste dotsent
Asendusliiget RKRN sobivate kandidaatide puudumisel ei esitanud.

Eesti Tööandjate Keskliidu esitatud liikmed:
– liige Maarika Liivamägi, Eesti Hotellide ja Restoranide Liidu tegevjuht
– asendusliige Anneli Entson, Eesti Tööandjate Keskliidu haridusnõunik

Eesti Üliõpilaskondade Liidu esitatud liikmed:
– liige Liina Hirv, Tartu Ülikooli üliõpilane
– asendusliige Vanessa Yasmine Birgitta Roosmets, Estonian Business School’i üliõpilane